Zur Herkunft dieses Kreuzes, eines ursprünglich christlichen Symbols, liegen drei Deutungen vor: der ersten zufolge stammt es von der thebäischen Legion, deren Kult namentlich im burgundischen Königreich stark verbreitet war; gemäss der zweiten von der ab dem 12. Jh. nachgewiesenen Reichssturmfahne; nach der dritten von den Arma Christi, den Leidenswerkzeugen Jesu, die insbesondere in der Innerschweiz verehrt wurden und von den Urschweizer Orten angeblich ab 1289 auf das rote Blutbanner geheftet werden durften.
Das durchgehende weisse Kreuz wurde in Form von zwei übers Kreuz aufgenähten Bändern erstmals von den Bernern in der Schlacht bei Laupen (1339) als Erkennungszeichen auf den Kleidern getragen (Bern zählte damals noch nicht zu den Eidgenossen, beteiligte sich trotzdem an der Schlacht, die Kreuze dienten zur Freund/Feind erkennung). Es unterschied sich vom roten St. Georgskreuz der Österreicher und dem burgundischen Andreaskreuz, welches Maximilian I. und die Landsknechte übernahmen. Das weisse Kreuz wurde ab dem 14. Jh. im Berner und im 15. Jh. auch auf den übrigen eidgenössischen Feldzeichen geführt, den sogenannten Fähnlein, während die grossen Fahnen - allenfalls mit aufgeheftetem weissem Kreuz - weiterhin die Wappen der Orte zeigten. Diese sind auch auf den Bannern zu sehen, die Papst Julius II. 1512 den Eidgenossen schenkte. Die Banner sind teilweise mit einem Kruzifix im Eckquartier versehen. Die gemeineidgenössische Fahne wurde nur für gemischtörtige Truppen oder Söldner üblich.
Ab der Mitte des 16. Jh. wurde das weisse S. als eidgenössisches Kreuz bezeichnet und zuweilen zivil verwendet, beispielsweise auf Patenpfennigen der eidgenössischen Orte für den französischen König. Die Unterscheidung des S.s von den durchgehenden Kreuzen anderer Städte und Staaten, etwa Savoyen, ist schwierig. Ab dem 17. Jh. erschien das durchgehende S. auf den in den Kantonsfarben geflammten Truppenfahnen. Da jeder Kanton souverän war, besass die alte Eidgenossenschaft also kein gemeinsames Wappen.
Erst im Bundesvertrag von 1815 wurde das schwebende, gleichschenklige, weisse S. auf rotem Grund zum Schweizer Wappenzeichen bestimmt. Zuerst setzte man es auf dem eidg. Siegel in die Mitte aller Kantonswappen. Auf Betreiben Guillaume-Henri Dufours wurde erstmals 1840 eine gesamtschweiz. Truppenfahne mit dem freischwebenden, weissen S. im roten Feld geschaffen. 1889 präzisierte der Bundesrat, dass die vier gleich langen Arme des aufrechten, freischwebenden Kreuzes um ein Sechstel länger als breit sein müssten. Das Grössenverhältnis zwischen S. und Schild bzw. Fahne ist hingegen nicht festgelegt.
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