Moin, ich bohre die Löcher für die Magnete bei sehr dünnen stellen oder sehr kleinen Magneten mit den üblichen Handbohrern aus dem Hobby Bedarf bei größeren Magneten oder stabileren Stellen nutze ich einen Dremel. Ich lege dann je einen Magneten in die Bohrungen und stecke die Stücke zusammen, um zu sehen ob auch alles gut passt.
Um zu verhindern, dass ich etwas falschherum Magnetisiere nehme ich mir irgendetwas metallisches z.B ein Cuttermesser und befestige den gesamten Block Magneten daran, danach nehme ich mir einen kleinen Spachtel (wirklich klein) und befestige da einen der Magneten daran.
Ich lege ein kleines Kügelechen Greenstuff und was Sekundenkleber in die Bohrung und stecke den Magneten der am Spachetel hängt dann dort hinein. Dann drücke ich mit dem Linken Daumen den Spachtel an der Stelle runter wo der Magnet ist und ziehe diesen zurück, bis ich den Magnet sehe. Den linken Daumen dann auf den Magneten drücken und den Spachtel komplett zurückziehen.
Das ist super easy und man hat Null Probleme, das etwas falsch herum ist, da alles ja exakt wiederholt werden kann. Solltest du etwas Magnetisieren wollen, wo bereits Magneten eingesetzt sind Heftest du den gesamten Magnetblock einfach an einen Arm, Rohr oder was auch immer du schon magnetisiert hast.
War jetzt eine Lange Erklärung für die Frage welches Werkzeug würde ich empfehlen ^^ aber man soll ja verstehen wieso.
Ich würde dir einen kleinen Spachtel empfehlen, diese dient dir dann als Leitwerkezug.