Der Große Bruderkrieg - Die Horus Häresie
Als sie das Slaanesh-anbetende Xenos-Volk der Laer auslöschten, verfielen die Emperor's Children auch langsam seinem Einfluß. Hinzu kamen die Drogen und chirurgischen Verbesserungen, die Fabius Bile nach dieser Kampagne entwickelte. Fulgrim gab ihm die Erlaubnis fortzufahren, um die Emperor's Children noch vollkommener zu machen. Horus, der zu dieser Zeit schon vom Imperator abgefallen war, überzeugte Fulgrim, die Emperor's Children könnten niemals wahre Perfektion erlangen, solange sie den Einschränkungen eines Dienstes am Imperator unterlägen. Vor der Schlacht von Istvaan III spaltete Fulgrim für kurze Zeit seine Legion und gab Eidolon den Befehl, die verbliebenen Imperatortreuen gemäß Horus' Schlachtplan töten zu lassen. Doch Saul Tarvits warnte die Loyalisten auf Istvann 3 mit der Hilfe von Garro von der Death Guard. Somit verfehlten die geplanten Virus Bomben ihr Ziel und die Verräter mussten Bodentruppen schicken um die Loyalisten zu vernichten. Die erste große Schlacht des Bruderkriegs war entbrannt. Erst als Lucius die Seiten welchselte und den Verräten Tür und Tor öffnete, gewannen die Verräter die Oberhand und das Schicksal der Loyalisten war besiegelt.
Auf Istvaa V beim Landungsplatzmassaker wo erstmals die Verräter Legionen und Loyale Legionen aufeinander trafen, erschlug Fulgrim der Primarch der Emperor´s Children seinen Bruder Ferrus Manus, Primarch der Iron Hands. Doch Fulgrim konnte den Tot seines Bruders nicht überwinden und beauftragte Fabius Bile damit, Klone des Primarchen herzustellen. Das genetische Material dafür entnahm er dem Blut an Fulgrims Schwert, allerdings waren die Stränge nicht vollständig. Die ersten Klone waren nicht perfekt und Fabius bat seinen Herrn darum, eine identische Tätigkeit mit Ferrus zu wiederholen, damit er analysieren könne, wo er nacharbeiten müsse. Fulgrim spielte von da an regelmäßig gegen Ferrus-Klone Königsmord und verwickelte ihn in ein Gespräch über Loyalität und Verrat.
ls der Krieg schließlich Terra erreichte kämpften die Emperor's Children nicht am Imperialen Palast selbst, sondern fielen über die unumkämpften Regionen des Planeten her. Die Apothecarii und Hexer-Scriptoren opferten willentlich nicht nur ihren Körper sondern auch ihre unsterbliche Seele ihrem neuen Gott Slaanesh. Die Legion tötete etwa eine Million Menschen, um sie zu Rausch-, Genuß- und Aufputschmitteln zu verarbeiten. Hundertausende weitere fielen den wesentlich gröberen Vergnügungen der Verräter zum Opfer.
Nach dem Bruderkrieg
Nachdem der Imperator Horus getötet hatte zogen sich auch die Emperor's Children von Terra zurück und flohen mit ihren Schiffen. Dabei hinterließen Sie eine Spur verwüsteter Welten und Berge von Leichen. Ihre Flucht endete schließlich im Wirbel des Chaos, wo sie sich vor den Imperialen Verfolgern versteckten. Durch ihren hohen Verschleiß an menschlichen Spielzeugen entbrannten bald heftige und erbitterte Kriege mit den anderen Verräterlegionen, welche schließlich die Legion aufrieben. Während der Legionskriege lieferten die Emperor's Children sich erbitterte Schlachten mit den World Eaters und beide Seiten erlitten schwere Verluste. Die Schlacht auf der Welt Skalathrax war besonders folgenschwer, da die Legion der Emperor's Children danach in Kriegerscharen auseinanderfiel. Die Emperor's Children führten einen glorreichen Angriff auf Lupercalios, die Festung der Sons of Horus, teilweise um ihre Legion durch einen gemeinsamen Feind wieder zu vereinen. Nach Abaddons Angriff auf die neue Heimatwelt der Emperor's Children, Harmonie, zerbrach die Legion endgültig. Eidolon und andere Offiziere bildeten daraufhin das Phönix Konklave. Es versucht seitdem, die Kriegerbanden der Emperor's Children wieder zu vereinen und die Legion wiederauferstehen zu lassen, damit sie bereit ist wenn Fulgrim zurückkehrt.
Über den Verbleib des Primarchen lässt sich heute nichts genaues sagen. Seine Feinde behaupten er sei im Kampf gefallen, seine Anhänger jedoch berichten, dass Fulgrim in den Rang eines Dämonenprimarchen erhoben wurde und Herrscher über eine Dämonenwelt geworden ist.
Phönix-Konklave
Das Phönix-Konklave besteht aus ehemaligen Kommandanten und Champions der Legion der Emperor´s Children.
Sie tarnen ihre Identität unter weißen Kapuzenmänteln und goldenen Masken. Nur Eidolon versteckt seine Identität nicht.
Das Ziel der Phönix-Konklave ist die Wiedervereinigung der Emperor's Children-Kriegerbanden in eine geschlossene Legion und allgemein die Wiederherstellung der Emperor's Children-Legion. Die Emperor's Children sollen Fulgrim als Armee zur Verfügung stehen, wenn er irgendwann wieder zu ihnen zurückkehrt. Zu diesem Zweck werden abtrünnige Emperor's Children vor das Phönix-Konklave gebracht, wo ihnen fürihre Abtrünnigkeit ein Prozess gemacht wird. Falls sie für unschuldig befunden werden, dürfen sie sich dem Phönix-Konklave anschließen. Falls nicht, werden sie getötet.
Eidolon sprach davon, dass die Phönix-Konklave in der Tradition der Emperor's Children von Zerstörung und Wiedergeburt steht. Auf Terra wurden sie kurz nach ihrer Gründung beinahe durch eine genseuche zerstört, aber sie stiegen wieder auf. Dann wurde die Legion zum zweiten mal auf Skalathrax zerschlagen, aber sie stieg wieder auf. Und dann wurde die Legion zum dritten mal durch Abaddons Hand auf Harmonie zerschlagen und jetzt steigen sie wieder auf.
Eidolon und Abaddon besitzen eine unbekannte Vereinbarung, was die Aktivitäten der Phönix-Konklave betrifft. Eidolon erhofft sich, dass eine wiedererstarkte Emperor's Children Legion von Abaddon in dessen Schwarze Kreuzzüge eingebunden wird.
Fabius Bile und Eidolon
Irgendwann nachdem die Emperor's Children durch Abaddons Angriff auf Harmonie in Kriegerbanden zerfallen waren, erschien Eidolon eine Dämonin des Slaanesh mit einer Nachricht von Fulgrim: Sie tanzte Eidolon eine Botschaft vor, er solle alle jene um sich sammeln, die immer noch von Perfektion träumten. Als Fabius Bile sich einmal über den religiösen Eifer des Phönix-Konklaves lustig machte, entgegnete Lucius der Ewige, "Lieber Begeisterung als Resignation."
Eidolon ließ Fabius Bile durch Flavius Alkenex gefangennehmen und nach Harmonie bringen. Dort wurde ihm vor dem versammelten Phönix-Konklave vom Wesen Quästor der Prozess gemacht. Obwohl Fabius Bile während der Befragung die Existenz der Chaosgötter leugnete, machten seine Antworten auf Fragen bezüglich seiner Arbeit doch deutlich, dass er immer noch von Perfektion besessen war. Der Quästor erklärte ihn für unschuldig, sehr zum Missfallen der versammelten Emperor's Children, mit Ausnahme Eidolons.
Später, in einem privaten Gespräch, gestand Eidolon Bile, dass es sich eigentlich nur um einen Schauprozess gehandelt hatte, der zeigen sollte, dass Eidolon Bile in der Gewalt hatte. Eidolon offenbarte Bile den eigentlichen Grund für sein Hiersein und machte ihm ein Angebot: Falls Fabius Bile bei der Bergung des verlorenen Genzehnts der Emperor's Children mithelfen würde, dürfte er das Programm leiten, mit dieser Gensaat massenhaft neue, makellose Emperor's Children-Space Marines zu erschaffen. Fabius Bile würde sich wissenschaftlich austoben dürfen und im Gegenzug würde Eidolon eine wiedererstarkte Legion bekommen. Fabius Bile willigte gerne ein.