Also ich hab da auch schon viel spekuliert, aber im Endeffekt ist die ganze Sache widersprüchlich. Bzw. da alles als Quelle gehalte wird, kann es ja auch durchaus falsch sein. Und einige dieser Sachen müssen falsch sein, denn alles passt nicht zusammen. Ich mach mal den versuch einer koheränten Zeitlinie, allerdings bin ich mir im Klaren dadrüber, dass es unauflösbare Widersprüche gibt. Aber wie man es dreht und wendet, die gibt es immer. Hintergrund aus der Zeit vor der 2. Edition sehe ich aus gutem Grund als veraltet an und ignoriere ihn deswegen.
Ausgang ist, dass es die Alten gibt, die viele Völker erschaffen oder manipuliert haben. Deshalb haben soviele Völker annähernd humanoide Gestalt. Die Alten werden gleichzeitig von einigen Völkern u.a. den Eldarn und Hrud als Götter verehrt.
Daneben gibt es noch die Ctan, die absolut nichts mit dem Warp zu tun haben und gegen die Alten Krieg geführt haben.
Früher weilten die Alten auch noch unter den sterblichen Völkern, aber die Verbindung wurde abgeschnitten. Das steht wohl im Zusammenhang mit der Legende der Eldar von Asuryan und dem Streben der Ctan den Warp vom Realraum zu trennen.
Der Warp ist ja im Endeffekt eine Dimension die aus der Projektion der Gefühle der Sterblichen besteht. Durch das ganze Gemetzel im Krieg der Götter haben die negativen Gefühle Überhand genommen und so ist auch der Warp zunehmend verseucht worden. Es wurden neue Gottheiten geschaffen und die alten verändert. So wurde Khaine z.B. mit dem Schnitteraspekt des Todesboten befleckt. Ist klar, wenn viele Völker den Krieg in dieser Form miterleben, dass sich dann auch ihre Wahrnehmung ihres Kriegsgottes verändert. Dabei ist es dann auch denkbar (aber nirgendswo angedeutet) dass einige Sachen vom Gaukler auf den Alten abgefärbt haben, den man nun den Lachenden Gott nennt.
Wer jetzt genau den Todesboten und Eremiten verführt hat, auf die anderen Ctan loszugehen, bleibt offen. Sowohl der Gaukler als auch der Lachende Gott kommen dafür in Frage. Vielleicht wars ja der Gaukler und man hat es dem Lachenden Gott später zugeschrieben, die Völker, für die der Alte sowieso eine Schutzgottheit war, haben es geglaubt und auch daran, dass die Intrigen und Tricksereien das Instrument der Wahl war. So hat sich dann das Wesen des Alten verändert.
Überlebt haben dann die 4 Ctan und 3 bekannte Alte: Khaine/Khorne, der lachende Gott und der Imperator, wenn man Xenology glauben schenken darf. Dazu noch die Chaosgottheiten.
Als Slaneesh dann geboren wurde, wurde das, was vom ehrenvollen Kriegsgott Khaine übrig geblieben ist, zerstört (siehe Avatar). Zurück im Warp blieb nur der chaotische Aspekt des Krieges: Khorne.
Gleichzeitig hat dann der Alte aka Imperator der Menschheit zum Aufstieg verholfen nachdem die Eldar versagt haben. Leider haben die Chaosgötter dann dazwischengefunkt und die Menschheit selber den Alten in den Goldenen Thron gefesselt und ihm so die Möglichkeit genommen in den Warp zurück zu kehren (sehen ja auch einige Inquisitoren so).
Das ist natürlich nur eine Variante, wie es gewesen sein könnte. Eine Variante, die mit recht wenigen Quellen in Konflikt steht, aber sicherlich nicht die einzige. Sehr sehr viel ist und bleibt Spekulation, was auch gut so ist. Also sollte jeder Interessierte sich seine eigene Theorie zusammenbasteln.
Wichtige Quellen:
Necron Codex sowie begleitende WD Artikel
Eldar Codex 2. Edition, Eldarcodex 3. Edition, Weltenschiffcodex, sowie begleitende WD Artikel
Liber Chaotica, besonders Slaanesh
Xenology
edit: Achja, dass Khaine auf Seiten der Yngir gekämpft haben, stammt aus der zweiten Edition. Da waren die Yngir noch leicht was anderes. Aber man könnte es so erklären, dass ein Volk, das auf einmal von einer unüberwindbaren Militärmacht überfallen wird, denken muss, dass ihr Kriegsgott sie verlassen hat und nun gegen sie kämpft.