Der sich anschließende Catwoman-Part hat mit der Hauptgeschichte nichts mehr zu tun, da geht es darum, die gestohlene Beute von Two-Face wiederzuerlangen - also bleibt hinsichtlich der Erklärung lediglich der Verlauf mit Batman.
Und da sieht die Angelegenheit ziemlich eindeutig aus: Talia stirbt in den Armen ihres Geliebten (oder wird zumindest so schwer verletzt, dass sowohl Batman als auch der Joker von ihrem Tod ausgehen) und bleibt in der Nähe der Bühne liegen, wohingegen die kampffähigen Figuren durch die Explosion in das Untergeschoss mit der Lazarusgrube geraten (was danach mit ihr passiert, ist nicht mehr ersichtlich; sobald man durchgespielt hat und die Stadt frei erkundet, ist es nicht mehr möglich, das "Monarch Theatre" zu öffnen, hier darf also noch spekuliert werden). Clayface schlingert mit all seiner Pracht in diese, und da nur eine Person eine Lazarusgrube benutzen kann, ist diese für weitere Behandlungen unbrauchbar. Und dass der Joker zumindest temporär tot ist (ob es noch zu obskuren Vivifizierungen kommt, wissen wir freilich nicht), liegt für mich offen auf der Hand. Eine Erklärung wie die, dass er sich über den gesamten Zeitraum danach "lebensecht" totgestellt haben soll, wäre schlichtweg hanebüchen. Und dass es sich diesmal um den echten Joker und nicht um einen weiteren Clayface oder ein anderweitiges Double handelt, wird daran ersichtlich, wie verzweifelt der Prinz des Verbrechens das auf dem Boden verschüttete Residuum des Antidots zu retten versucht.
Natürlich ist es möglich, dass wir noch einen verdrehten Grund aufgetischt bekommen, warum es der Joker trotz allem geschafft hat, zu überleben. Besonders ansprechend würde ich aber eine solche Kehrtwendung nicht finden, es erweckt dann sehr stark den Eindruck, als ob ein gelungenes Spiel mit einem kapitelschließenden Ende mitsamt des so ums Leben Gekommenen aus der Gruft steigen soll, um das Publikum gleichzeitig zu begeistern, aber nicht an dem vorhergegangenen Ende in seiner Erzählkraft zweifeln zu lassen.