Die Erschaffung der Alpha Legion liegt im Verborgenen, denn sie war mit den Salamanders und den Space Wolves eine der Legionen, die abseits der anderen erschaffen wurde. Es existieren Mutmaßungen, dass sie deshalb den Namen Alpha erhielt, da ihr als letzte Legion die ausgereifteste Gensaat implementiert wurde und sie damit die ersten Space Marines mit stabilen Genen besaß.
Warum die Stärke der XX. Legion zu Beginn des Großen Kreuzzuges nur bei etwa 1000-2000 Space Marines lag, darüber gibt es viele Vermutungen. Bekannt ist nur, dass die Alpha Legion nach ihrer Erschaffung für mehrere Dekaden aus dem öffentlichen Leben verschwand22 S.80 und während dieser Zeit vermutlich mit anderen neu geschaffenen Institutionen, wie den Sororitas Inconcessus und dem Officio Assassinorum, geheime Aufträge des Imperators vollzog. Dies wird umso wahrscheinlicher, da die Legion vertiefte Kenntnisse von den Assassinen-Tempeln besaß, die keinesfalls öffentlich zugänglich waren.
Auch über das Auffinden des Primarchen ranken sich verschiedene, abweichende Geschichten. Eine sei hier genannt: Im Zuge des Großen Kreuzzuges wurde ein vorgeschobener Patrouillenkreuzer der Lunar Wolves in einen Hinterhalt durch Piraten gelockt. Nach einem kurzen Scharmützel mit ihren Jägern bemerkte die Besatzung des verfolgenden Kreuzers, dass sie sich mitten in ein Minenfeld manövriert hatte. Durch die Detonation einiger dieser Raumminen wurde das Antriebssystem beschädigt. Nur wenige Tage später erhielt der Rest der Flotte ein Notsignal des Kreuzers, auf welches Horus, der Primarch der Lunar Wolves, persönlich reagierte. Wutentbrannt begab er sich selbst an Bord des Kreuzers, wo er feststellen musste, dass es einigen der Angreifer gelungen war ihren Fuß an Bord zu setzen. Aus einem der Lüftungsschächte kommend verschafften sich fünf der Angreifer Zutritt zur Brücke. Vier von ihnen wurden durch Horus persönlich getötet, doch der Fünfte war anders. Größer als selbst Brüder der Lunar Wolves stürmte er auf Horus zu und schüttelte einen Treffer nach dem anderen ab. Nur wenige Zentimeter von Horus' Kehle entfernt stoppte der Riese seinen Angriff und beide starrten sich in die Augen. Horus brach in Gelächter aus, denn er hatte den letzten seiner Primarchenbrüder gefunden.22 S.86 Horus erfuhr, dass sich der Fremde selber Alpharius nannte, jedoch ohne seine Heimatwelt zu nennen. Bei jeder Welt, welche die Lunar Wolves in das Imperium eingliederten, fragte Horus ihn ob es seine Heimatwelt sei, doch jedes Mal verneinte Alpharius. Anstatt ihn nach Terra zu seinem Vater zu schicken behielt Horus ihn an Bord seines Schlachtschiffs und erlaubte seinem Bruder bei verschiedenen Einsätzen das Kommando zu übernehmen.Quelle? Schließlich kam der Tag an dem Alpharius nach Terra zurückkehrte. Der Imperator, mit der Regierung seines ständig wachsenden Imperiums schwer beschäftigt, hatte wenig Zeit für den letzten seiner Söhne und übergab ihm schnellstmöglich den Befehl über seine eigene Legion, die Alpha Legion.
Alpharius führte seine Legion in die äußersten Grenzen des Imperiums, um ebenfalls so viel Ruhm wie die anderen, älteren Legionen zu erlangen. Er lehrte seine Legion, einen Feind gleichzeitig aus verschiedenen Richtungen anzugreifen, um so seine Schwachstellen zu nutzen. Hierbei zeigte sich auch, dass die Legion keine Ordensfestung und keinen Heimatplaneten hatte. Alpharius ließ überall im Imperium geheime Vorratslager, Depots und Stützpunkte errichten, von wo aus seine Legion operieren konnte. 14c Einige dieser Stützpunkte sind bis heute nicht vom Imperium entdeckt worden. Auch trainierte Alpharius seine Offiziere darauf, unabhängig von der starren Befehlskette operieren zu können, weswegen er in einigen Schlachten selbst untertauchte, um beobachten zu können, wie sich seine Legion ohne seine Führung schlagen würde.
Der Primarch selbst traf nur selten auf seine Mitprimarchen, nur ein paar mal kam er mit Roboute Guillaume, dem Primarchen der Ultramarines, zusammen, welcher ihn dazu bringen wollte, die Alpha Legion nach den Prinzipien seines von ihm erstellten Codex Astartes zu strukturieren. Alpharius jedoch lehnte dies ab, da es seiner Strategie entgegengesetzt war. Hierauf entbrannte zwischen beiden eine hitzige Debatte, welche allerdings von keinem der beiden Redegewandten gewonnen werden konnte. So trennten sich ihre Wege wieder und Alpharius trieb seine Legion noch stärker zu Höchstleistungen an. Die Legionen der Death Guard, Imperial Fists, Thousand Sons und Night Lords distanzierten sich von der Alpha Legion, während von wiederholten Feldzüge der XX. Legion an der Seite der Lunar Wolves, Dark Angels und Iron Hands berichtet wird.
Grundsätzlich wurde die Legion zu jenem Zeitpunkt, wie folgt beschrieben: Sie sei Stolz auf ihre Taten und der Unterlegene solle um die Taten der Alpha Legion und ihrer Überlegenheit wissen. Sie strebe danach möglichst komplexe Pläne umzusetzen und damit anzugeben.
Die Alpha Legion wusste prinzipiell vom Chaos, hielt es aber nur für eine exotische Xenos-Form, die mit dem Warp im Zusammenhang stand. Sie wussten etwas mehr als andere imperiale Oberkommandierende, beispielsweise, dass man das Chaos mit Schutzrunen abwenden konnte, trotzdem waren die Kenntnisse der Alpha Legion stümperhaft und durch Vereinfachungen verzerrt. Die Cabale, eine Xenos-Organisation, die schon seit Äonen das Chaos bekämpfte, konnte mittels einer Vorrichtung namens Acuity die Zukunft vorhersagen. Sie erfuhr so vom bevorstehenden Großen Bruderkrieg und dass das Chaos ihn anzetteln würde, um die Menschheit zu unterwerfen. Die Cabale sah zwei Zukünfte voraus: Wenn der Imperator gewinnen würde, würde er halbtot an den Goldenen Thron gefesselt sein und das Imperium würde über Jahrtausende stagnieren und langsam verfallen. Irgendwann würde sich das Chaos einschleichen und es übernehmen. Wenn Horus gewinnen würde, würden er und seine Mitverschwörer Krieg gegeneinander führen und die Menschheit dabei ausrotten. Mit dem Verschwinden der Menschheit würde das Chaos sein wichtigstes Werkzeug verlieren und die restlichen Spezies der Galaxis wären gerettet. Die Cabale fasste also den Plan, dass Horus gewinnen sollte. Die Alpha Legion war der einzige geeignete Kandidat, um die Cabale innerhalb des Imperiums zu unterstützen, da nur sie pragmatisch, unbelastet und kaltblütig genug war, um sich auf so eine Sache einzulassen.
Kurz nach Horus' Ernennung zum Warmaster konnte endlich ein persönliches Treffen der Cabale mit Alpharius Omegon aufdem Planeten Eolith arrangiert werden. Er konnte die Acuity so weit identifizieren, dass sie wirklich eine Vorrichtung zur Vorhersage der Zukunft und mit Eldar-Methoden verwandt war. Die Cabale zeigte dem Primarchen beide Zukünfte und verlangte dann von ihm, dass die Alpha Legion Horus unterstützen solle, was Alpharius und Omegon zunächst kategorisch ablehnten. Dann führten die Beiden ein privates Gespräch. Sie erinnerten sich daran, dass der Sieg über das Chaos der größte Traum des Imperators war. Also beschlossen sie, sich auf die Seite von Horus zu schlagen, um Menschheit und Chaos zu vernichten.
Nachdem Horus zum Warmaster ernannt wurde, konnte die Alpha Legion freier agieren, denn Horus erkannte das Potenzial von Alpharius Kriegsführung und Parallelen zu seinen Sons of Horus. Es zeigte sich aber zunehmend, dass die XX. Legion nach neuen Herausforderungen suchte und auch dort ihre Kriegsführung zum Tragen brachte, wo ein Gespräch, bereits die Integration ins Imperium erreicht hätte. Nun sandte auch Horus Beschwerden nach Terra, auch wenn er die Legion nach außen weiterhin in Schutz nahm. Vor Beginn des Bruderkrieges schätzte man die Stärke der Alpha Legion auf 90.000 bis 180.000 Legionäre, diese Spanne resultiert aus der geringen öffentlichen Wahrnehmung der Legion und andererseits ihren vermehrten Feldzügen gegen Ende des Kreuzzuges. Die Alpha Legion folgte einer Maxime, für einen Sieg alle notwendigen Instrumente einzusetzen. Dementsprechend hatten sie auch keine Skrupel, ehrlose Taktiken wie Lüge, Verhüllung und Arglist als Waffen einzusetzen. Das Mechanicum verglich ihr Vorgehen mit der Lösung einer schwierigen algebraischen Gleichung, an deren Ende die totale Vernichtung ihrer Feinde stand. Sogar schon zu Zeiten des Großen Kreuzzuges brachen sie die Codes ihrer Verbündeten und hörten deren Funk ab, um auf dem Laufenden zu bleiben. Da Alpharius seine Heimatwelt nie öffentlich bekannt gemacht hatte und es keine eindeutigen Portraits von ihm gab, erschien es als habe er viele Gesichter. Da Identität als Waffe genutzt werden kann, wandte die Legion dem Feind nur ein Gesicht zu, das von Alpharius: Es war üblich, dass die Space Marines der Alpha Legion durch plastische Chirurgie das Gesicht von Alpharius bekamen. Denn Anonymität war eine weitere Waffe, die sie durch geteilte Identität erschufen.
Die Kampfweise der Alpha Legion bedeutete, falls nötig auch nicht-imperiale Waffen und nicht-standard Landungsschiffe einzusetzen. Ebenso besaßen sie Technologien, um Überwachungsanlagen auszutricksen. Jeder Kommandeur der Legion lernte vor seiner Mission den genauen Einsatzplan, plus eine Vielzahl von Optionen für seine eigentliche Mission und Alternativen bei Erlangung von neuen Einsatzlagen. Sollte es notwendig werden, hatte jeder Kommandeur die Erlaubnis, von seinem Plan abzuweichen und nach eigenen Ermessen zu handeln. Im Bruderkrieg beispielsweise hatte ein Trupp die Anweisung, an Bord eines Mechanicum-Schiffes versteckt nach Terra zu reisen und dort Sabotageakte auszuführen. Als das Schiff jedoch nach Callistra Mundi umgeleitet wurde, brach der Strike Commander die Mission nicht ab, sondern schloss sich selbstständig den dortigen Kämpfen der Verräter an. Während des Großen Bruderkrieges infiltrierte die Alpha Legion andere Legionen, darunter die World Eaters, die Emperor's Children, die Ultramarines, die Iron Handsund die Raven Guard. Die Apothecarii der Legion entfernten Toten die Gesichter und transplantierten sie einem Alpha-Legionär, wobei sie auch Knochen und Muskelstränge anpassen mussten. Durch Analyse des Fleisches des Toten in seine Omophagea und unterstützt durch die Legions-Scriptoren erhielt der Alpha-Legionär einen Teil der Erinnerungen des Toten. Einzig die Sprache und Aussprache der Ersetzten mussten sie selbst vervollkommnen. Auch Stimmbänder und Mund wurden angepasst, um die Stimme des Toten nachzuahmen. Alpha-Legionäre, die als Spione agierten, bekamen ins Genick ein Implantat eingepflanzt, als Ersatz für das dortige Progenoid. Das Implantat erzeugte ein pochendes Gefühl, falls ein versteckter Sender der Alpha Legion in der Nähe war, je schneller das Pochen, desto näher. Manchmal wurde die Psyche eines Legionärs durch mentale Manipulation und durch Mithilfe der Legions-Scriptoren so manipuliert, dass er seinen Namen vergaß und sich selbst nur noch Alpharius nannte. Sie wussten, dass sie nicht der echte Alpharius waren, aber sie waren in gewisser Weise sein Sinnbild. In solch einem Zustand wurden ihnen auch Codewörter oder Aktionen "eingeplanzt", die bei ihnen neue Missionsparameter freischalteten. Selbst der Primarch unterzog sich Behandlungen und glaubte dann auf Missionen ein anderer Legionär zu sein. Ihr Überleben war ihnen egal, alles was zählte war die Mission.
Die Alpha Legion benutzte auch verschiedene menschliche Agenten und Spione, Sparatoi genannt, die sie beispielsweise aus der Imperialen Garde rekrutierte. Diese wurden auf subtile Weise bionisch aufgewertet und erhielten das Hydra-Symbol als Brandzeichen auf die Hüfte. Diese Agenten kannten keine Soldatenkameradschaft untereinander mehr, sondern hatten nur noch ihren Dienst für die Alpha Legion. Sie waren verschlossene Einzelgänger. Es wurden aber auch Psioniker und Einheiten des Mechanicums eingesetzt. Diese operativen Kräfte wurden überwiegend für Spionage, Infiltration, Sabotage, Agitation und Terrorismus eingesetzt und operierten allein oder in kleinen Zellen, die oft nichts voneinander wussten und manchmal nicht einmal ihre Auftraggeber kannten.Bei den Sparatoi wurde ein Implantat anstelle eines Zahnes eingesetzt, über das durch Frequenz und Impulse Nachrichten versendet und empfangen werden konnten. Die mitgeführte Technik der operativen Kräfte, z.B. Funkgeräte oder Türschlossblockierer, konnte sich selbst zerstören, bevor sie analysiert und zurückgebaut werden konnte. Damit wurden Rückschlüsse auf die Herkunft der Infiltratoren und Attentäter meist unmöglich gemacht.
Eine besondere Einsatztaktik der Alpha Legion war der Harrowing: Dabei ging es nicht um eine örtlich stark begrenzte Aktion, sondern um eine Mission auf planetarer Ebene. Ziel war auf einer gesamten Welt Verwirrung, Unordnung, Verrat, Panik und Horror zu schaffen. Ihre Feinde sollte Gespenstern hinterjagen und sich dann gegeneinander wenden. Wenn sie dann erschöpft waren, kam die Alpha Legion in einer geballten Ansammlung aus allen möglichen Richtungen hervor und gab der Welt den Todesstoß. Sowohl die Legionäre, als auch ihre Sparatoi, messen die benötigte Zeit für ihre Missionen in einer eigenen Zeitrechnung, da darauf zeitlich genau abgestimmte Aktionen erfolgen. Beispiele für Zeitangaben sind: "elapsid/rho-nu-alpha", "elapsid/khi-rho-iota-epsilon" und "elapsid/gamma-khi-sigma-omicron-zeta".
Während des Großen Kreuzzuges beschäftigte sich die Alpha Legion nicht nur mit der Theorie der Kriegsführung, sondern beispielsweise auch mit Philosophie, um ihren Intellekt zu schärfen und größere Zusammenhänge besser analysieren zu können. Wenn ein Legionär allein auf andere Personen traf, so stellte er sich stets mit Alpharius vor. Trat eine Gruppe in Erscheinung, waren alle Alpharius. Meistens ragte ein Legionär mit seiner Statur heraus, sodass angenommen wurde, dieser sei der Primarch. Tatsächlich gab es den Primarchen in gewisser Weise zweimal: Der Primarch der Alpha Legion waren die Zwillinge Alpharius und Omegon, was niemand außerhalb der Legion wusste. Da sie von der Statur kleiner als die anderen Primarchen waren, konnten sie sich so als ungewöhnlich großer Space Marines ausgeben. Obendrein nahm auch der großgewachsene Sheed Ranko manchmal die Position des Primarchen ein. Die Stellvertreter der Primarchen wurden innerhalb der Legion als Doppelgänger bezeichnet, einem teutonischen Wort des antiken Terras.